La Conferencia de las Partes (COP) es el órgano rector del convenio y promueve su aplicación a través de las decisiones que adopta en sus reuniones periódicas. La conferencia ha celebrado 13 reuniones ordinarias y una extraordinaria (esta última, dividida en dos partes, fue para adoptar el Protocolo de Seguridad de la Biotecnología). De 1994 a 1996, la Conferencia celebró anualmente sus reuniones ordinarias. Desde entonces se han realizado con una frecuencia un tanto menor y, a partir de un cambio en las reglas de procedimientos en el año 2000. La reunión anterior fue en Pyeong-chang, República de Corea, en octubre de 2014. Y la primera, en Nassau, Bahamas, en noviembre-diciembre de 1994.

Entre los temas tratados en las diversas reuniones sobresalen los referentes al financiamiento, la diversidad biológica marina y costera, el acceso a los recursos genéticos, la conservación y utilización sostenible de la diversidad biológica, la seguridad de la biotecnología, la diversidad biológica agrícola, los derechos de propiedad intelectual, el conocimiento tradicional y participación en los beneficios; el análisis de los ecosistemas de tierras secas, mediterráneas, áridas, semiáridas, praderas y sabanas; la utilización sostenible, incluido el turismo; acceso a los recursos genéticos; ecosistemas forestales, especies exóticas y ecosistemas de montaña.

También sobre las áreas naturales protegidas, transferencia de tecnología y cooperación tecnológica; diversidad biológica de las islas; las tierras secas y subhúmedas; iniciativa mundial sobre taxonomía; comunicación, educación y conciencia pública. Además, la Estrategia Mundial para la Conservación de las Especies Vegetales, las especies exóticas invasoras, diversidad biológica forestal y muchos otros temas relacionados con la biodiversidad.